Como ya se indica en el origen del nombre y según vestigios arqueológicos encontrados en el lugar, el pueblo fue fundado en tiempos celtíberos.

Fue conocida más adelante en tiempos romanos como una aldea dependiente de la villa de "Barnacis" en la actualidad Uceda, perteneciente a Guadalajara, estableciendo algunos vecinos de la misma una granja y campos de cultivo en este lugar por la fertilidad de sus tierras, siendo hoy una de las vegas más importantes de la Comunidad.

Durante la Alta Edad Media constituyó uno de los enclaves cristianos-visigodos fortificados existentes por la cuenca del Jarama para defenderse de los ataques de los mulsumanes que ya estaban asentados en Talamanca del Jarama. A pesar de las fortificaciones existentes fue sometida junto con otros pueblos de alrededor por los mismos, reforzando estos las murallas existentes y levantando atalayas.

Reconquistada en el año 1085 por rey Alfonso VI de Castilla, fue incorporada a la jurisdicción del Arzobispo de Toledo como aldea dependiente de Uceda. La independencia de esta se obtuvo en el reinado de Juan I de Castilla que en 1390 y de acuerdo con Pedro Tenorio, por aquel entonces Arzobispo de Toledo, se la dió el trato o privilegio de villa independiente. Según la tradición en estos tiempos nació en un barrio de Torrelaguna llamado Caraquiz, Santa María de la Cabeza (llamada Maria Toribia),que contrajo en este mismo lugar matrimonio con San Isidro (Patrono de Madrid). La Santa murió aquí permaneciendo su restos en el pueblo hasta que en el siglo XVI fueron trasladados a Madrid.

En 1436 y en el seno de una familia noble, nació en esta villa Francisco Jiménez de Cisneros conocido como Cardenal Cisneros. Sin lugar a dudas se trata de uno de los personajes más relevantes de la Historia de España. Estudió teología y derecho en las universidades de Salamanca y Roma. Fue Arcipreste de Uceda y Vicario General de la diócesis de Sigüenza. En 1484 tras ingresar en la orden Franciscana es nombrado provincial del Convento de San Juan de los Reyes en Toledo, donde cambia su nombre de pila "Gonzalo" por el de "Francisco".

Siendo confesor y consejero de Isabel I la Católica, fue nombrado Arzobispo de Toledo. Acompañó a los Reyes Católicos a Granada en 1499, ordenando la expulsión de la población musulmana no convertida en 1502. En 1507 recibió el capelo cardenalicio a instancias de Fernando el Católico y nombrado inquisidor general en 1507. Bajo su mecenazgo fue fundada en 1508 la Universidad de Alcalá de Henares e impresa la Biblia Políglota Complutense en 1517. En 1516 fue nombrado en el testamento de Fernando el Católico, regente y gobernador de Castilla, León, Granada y Navarra hasta la llegada de Carlos de Gante (nieto de Fernando el Católico) conocido como el rey Carlos I. Murió en Roa (Burgos) el 8 de noviembre de 1517.

En 1574 Felipe II vende la villa a los propios vecinos y en 1749 Carlos III concede el rango de Municipio, siendo incorporada a Madrid en 1833 y nombrada cabeza de partido en 1834. Como consecuencia de las obras de abastecimiento de agua a Madrid, el pueblo tuvo relevantes estancias reales como la de Isabel II, Alfonso XII y Alfonso XIII. Este municipio ha sido declarado Monumento Histórico - Artístico en 1974.

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Edificio del Ayuntamiento, es obra del Cardenal Cisneros que se data de 1515. En un principio fue destinado a almacen de grano para prevenir las necesidades en épocas bajas. A este respecto decir que el mencionado Cardenal dispuso la obligatoriedad de mantener una reserva fija de 5.000 fanegas de trigo para pobres y viudas, aportando las primeras 5.000 el propio Cardenal.

Igualmente a través del tiempo ha sido escuela, cárcel, estación de Telégrafos y biblioteca. A la derecha del edificio esta insertado el escudo Cardenalicio Arzobispal de Cisneros.

Iglesia parroquial de la Magdalena es uno de los monumentos góticos más importantes de este estilo en la Comunidad de Madrid. Se comenzó a construir a principios del siglo XIV en tiempos del Arzobispo Contreras por la cabecera que se orientó hacia oriente, continuándola los Cardenales Mendoza, Cisneros y Fonseca, terminada a principios del siglo XVII.

Es de alzado y planta basilical, es decir consta de tres naves, una central más ancha y alta y otras dos laterales, cubiertas todas con bóvedas de crucería gótica y sostenidas por sencillos pilares. La torre obra de Juan Campero es construida en los siglos XV y XVI y costeada por el Cardenal Cisneros. Se trata de una construcción de tres cuerpos, de los cuales el primero es macizo y sin vanos, mientras que en el segundo y tercero se pueden apreciar los escudos de Cisneros y de la Villa. En el exterior se pueden observar los arbotantes apoyados en contrafuertes, situándose entre ellos las capillas familiares adosadas a las naves laterales.

La portada principal esta encuadrada entre dos contrafuertes rematado en pináculos, encontrándose entre ambos un grupo escultórico de la Virgen poniendo la casulla a San Ildefonso. En la otra portada llamada de la Pascua o de la Resurrección, se pueden apreciar la combinación del gótico mudéjar con elementos renacentistas.

En el interior se pueden ver diversos retablos como el Retablo Mayor (barroco churrigueresco del taller de Narciso Tomé, siglo XVIII), el Retablo de San Gregorio (estilo plateresco del siglo XVI, anónimo), retablo de San Felipe (barroco siglo XVII de Eugenio Cajés), retablo de la Encarnación (manierista siglo XVI de Patricio Cajés) y el retablo de la Asunción (barroco siglo XVII de Eugenio Cajés).

Cabe destacar el ábside lateral de la Capilla del Evangelio, donde se encuentra el Santísimo Cristo de la Salud, también conocido como el Cristo de Cisneros, talla que les fue regalada a los Reyes Católicos por el Papa Alejando VI. En esta misma capilla se encuentran los restos del Poeta Juan de Mena, nacido en Córdoba en 1411 y muerto en Torrelaguna a causa de una doble pulmonía en 1456. Fue nombrado traductor y cronista de la Corte por el rey Juan II. Entre sus obras la más importante es el "Laberinto de la Fortuna" o también conocida como el de "Las Trescientas".

Ruinas del Monasterio Franciscano de la Madre de Dios. El Monasterio fue construido en 1510 por el Maestro Campero y fundado por el Cardenal Cisneros. Estuvo destinado a Panteón de la familia Cisneros y centro de estudios, así mismo acogió como última morada a Fray Francisco Ortiz y familias notables como las de Bernaldo de Quirós, Guzmanes, Salazares y Salinas.

Fue destruido por las tropas de Napoleón en 1813, quedando en la actualidad en pie la Espadaña con el escudo de Cisneros y grandes nidos de Cigüeñas.

Palacio de Salinas. De la construcción original, obra Renacentista del taller de Gil de Ontañón, solo queda la fachada de la que saldría la inspiración para la de la Universidad de Alcalá de Henares.

Acusado de heterodoxia en este edificio estuvo hospedado y fue preso en el siglo XVI el dominico Bartolomé de las Casas, confesor de Carlos I y Felipe II siendo Cardenal y Arzobispo de Toledo.

Abadía de las Concepcionistas Descalzas. Su construcción fue patrocinada por Hernán Bernaldo de Quirós y su esposa Guiomar de Berzosa en el año 1560. Se trata de una abadía femenina de la época del Concilio de Trento de la orden de Santa Beatriz de Silva, siendo residencia de la Madre Patrocinio, consejera de Isabel II.

Durante la guerra civil sufrió importantísimos destrozos a causa de una bomba, por lo que debido a esto apenas queda nada de la antigua construcción. Reconstruido en 1960 por el Patronato Nacional de Regiones Devastadas.

Ermita de San Sebastián, que aunque no se conservan restos por diversas remodelaciones, se trataría de una antigua ermita de la época medieval. La reforma más importante por haber sido en su totalidad, ha sido la efectuada en el siglo XX y otra hace escasos años. En tiempos, se ubicaron aquí un Hospital para enfermos de peste y posteriormente un albergue para peregrinos.

Arco de San Bartolomé. Se encuentra ubicado en la plaza del mismo nombre y tambien es conocido como La puerta de Montalbán o Arco del Coso. Construido a principio del siglo XX con la finalidad de anexionar el barrio de extramuros.

Atalaya musulmana de ARREBATACAPAS. Se encuentra ubicada ubicada en la carretera M-131 entre Torrelaguna y el Berrueco en finca particular. Forma parte de las torres vigías musulmanas entre Talamanca de Jarama y el Puerto de Somosierra del siglo IX. Es una construcción de forma cilíndrica con alguna tendencia tronco-cónica, esta bastante abandonada y se encuentra en una finca particular.